Zakład Biologii Komórki został formalnie utworzony 1 kwietnia 1979 roku w Instytucie Biologii Molekularnej.
Już wcześniej, od 1968 roku przedmiot „biologia komórki” był wykładany w ramach zajęć fakultatywnych dla 4 roku studentów biologii, a od 1972 roku jako przedmiot obligatoryjny, wraz z ćwiczeniami laboratoryjnymi. Od 1972 roku działała też Pracownia Biologii Komórki. Kierownikiem nowo utworzonego Zakładu został prof. dr hab. Włodzimierz Korohoda, a pierwszymi pracownikami Zakładu byli: dr Barbara Kalisz-Nowak (dr w 1977r), dr Jolanta Cieślak (dr w 1977 r; obecnie dr Jolanta Stanisz pracująca w Kanadzie), mgr Marta Michalik (dr w 1980 r), mgr Jan Łabanowski (dr w 1980 r; obecnie profesor w USA), mgr Jan Kajstura (dr w 1981r, hab. w 1991 r; obecnie profesor w USA) oraz mgr Jadwiga Pieguszewska (obecnie J. Golda) i Elżbieta Filo (obecnie E.Sater).
Tematyka badań naukowych dotyczyła właściwości i roli błon komórkowych w regulacji ruchów, wzrostu i różnicowania komórek oraz metod hodowli komórek zwierzęcych in vitro.
W latach 80. po wyjeździe z Polski dr J. Cieślak i dr J. Łabanowskiego rozszerzono zakres badań na analizę struktury i funkcji cytoszkieletu oraz związek metabolizmu energetycznego z aktywnością ruchową i różnicowaniem komórek. Na początku lat 80. rozpoczęli pracę mgr Krzysztof Reiss (dr w 1988r, hab. w 1998;obecnie profesor w USA) mgr Zbigniew Pietrzkowski (dr w 1988 r;obecnie w USA) i dr Ewa Zaporowska , a wkrótce potem mgr Beata Wójciak (dr w 1991 r; obecnie dr B. Wójciak-Stothard, w Wielkiej Brytanii).
W latach 80. i 90. kontynuowano współpracę z ośrodkami naukowymi w Niemczech, Wielkiej Brytanii i USA. Profesor Korohoda trzykrotnie przebywał jako wizytujący profesor w Niemczech, dr Jan Kajstura jako stypendysta fundacji im. A. von Humboldta w Niemczech (u prof. J. Bereiter-Hahna), K. Reiss i Z. Pietrzkowski odbywali kilkuletnie staże w USA (u prof. R. Basergi), a dr B. Wójciak w Szkocji (u prof. A. Curtisa).
Zakład był odwiedzany przez wybitnych uczonych, takich jak między innymi K.E. Wohlfarth-Bottermanna, A. Giese, A. Curtisa, J. Bereiter-Hahna, L. Wolperta, P. Knauffa, A. Leva i innych. W tym okresie badania koncentrowano na zagadnieniach związanych z regulacją wzrostu i różnicowania komórek zwierzęcych w hodowlach in vitro.
W latach 1994 -96 Polskę opuścili dr hab. Jan Kajstura, dr hab. K. Reiss, dr B. Wójciak, dr Z. Pietrzkowski. Wszyscy Oni kontynuują karierę naukową, większość na samodzielnych, kierowniczych stanowiskach w USA i Wielkiej Brytanii. Na ich miejsce, w Zakładzie zostali zatrudnieni dr Zbigniew Madeja (obecnie dr hab), mgr Justyna Drukała (obecnie dr), mgr Jolanta Sroka (obecnie dr), mgr Małgorzata Pierzchalska (obecnie dr), mgr Jarosław Czyż (obecnie dr hab.). Równoczesnie studia doktoranckie rozpoczęło kilka osób, które po uzyskaniu stopnia doktora podjęły pracę w innych instytutach naukowych ( m. innymi dr Ewa Stępień, dr Anna Jurkiewicz, dr Maria Mycielska, dr Laura Bandura). Nowi pracownicy naukowi Zakładu odbyli staże zagraniczne w USA, Wielkiej Brytanii, Niemczech, Francji, Szwajcarii i Szwecji.
W latach 90. obok prowadzenia badań podstawowych, zainteresowano się ich wykorzystaniem w praktyce medycznej. Nawiązano współpracę z dr Kazimierzem Cieślikiem, Odrynatorem Oddziału Oparzeń i Chirurgii Plastycznej w Szpitalu im. Rydygiera w Krakowie. Zaczęto wykorzystywać hodowane w Zakładzie keratynocyty skóry ludzkiej do leczenia nie gojących się ran troficznych i oparzeń. Zorganizowano na terenie szpitala Pracownię Inżynierii Komórkowej i Tkankowej, której kierownikiem została dr Justyna Drukała. W pracowni tej obok badań na komórkach skóry (keratynocytach, fibroblastach i melanocytach) prowadzono hodowle tych komórek, wykorzystywane do leczenia ran pacjentów. W kolejnych latach rozszerzono współpracę na leczenie oparzeń dzieci (współpraca z doc. dr hab. Jackiem Puchałą) i ran w jamie ustnej (współpraca z prof. dr hab. Janem Zapałą).
W drugiej połowie lat 90. obok wcześniej prowadzonych badań rozpoczęto analizowanie oddziaływań między komórkami nowotworowymi i prawidłowymi w procesach tworzenia przerzutów, regulacji wzrostu i różnicowania komórek macierzystych, wpływu związków metaloorganicznych na komórki, a w ostatnich trzech latach na szerszą skalę, współpracując ze studentami i doktorantami, rozpoczęto badania związane z wykorzystaniem elektrochemii w biologii komórki. Ten szeroki zakres badań opartych na wykorzystaniu hodowanych in vitro komórkach ludzkich i zwierzęcych związany jest z opanowaniem przez pracowników Zakładu metod cytometrii i fotometrii wspomaganych komputerowo, immunocytochemicznych oraz elektrochemicznych. Prowadzona jest współpraca z licznymi ośrodkami zagranicznymi, z których niektóre kierowane są przez byłych pracowników zakładu, oraz z innymi instytutami naukowym w Polsce.
Od października 2006 roku Zakładem kieruje dr hab. Zbigniew Madeja. Zatrudnionych w nim jest trzech samodzielnych pracowników naukowych (emerytowany prof. zw. dr hab. W.Korohoda, dr. hab. Z. Madeja i dr hab. Jarosław Czyż), troje adiunktów (dr J. Drukała, dr M. Michalik, dr J. Sroka), jeden asystent (dr Anna Wilk) i czterech pracowników naukowo technicznych (mgr L. Ciastoń, mgr J. Golda, p. E. Sater, mgr M. Wróbel). Zakład wyposażony jest w podstawową aparaturę, umożliwiajacą prowadzenie badań, których wyniki są publikowane w międzynarodowych, recenzowanych czasopismach, zamieszczonych na tzw. Liście Filadelfijskiej.